Созданные Hyperlink не относятся к исполняемой части программы и поэтому эти элементы программы распологаются в конце всей программы.
Когда осуществляется обратная перепись Вы получает тот результат, который наблюдается после обратной переписи.
Использование Hyperlink служит для создания связи между Вашими проектами и внешними документами.
Мы приводим выдержку из HELP и перевод данной выдержки.
Сделать, что бы положение директорий и линков в дереве секций не изменялось при скачивани проекта из контроллера невозможно.

Данная особенность известна разработчикам и не планируется производить изменений в этом направлении.
В контроллере нет смысла обходить не работающие блоки, их помещают в конец программы.
Можно посоветовать сохранять проет, который был пересён в контроллер и пользоваться этой копией.
Возможно вместо использования Hyperlink использовать пустые программные блоки для пометок и разделения.
Для данных целей можно использовать не «Structural view», а другое представление программы «Functional view».

Развернутый вопрос и ответ с выдержками из документации приведен в файле «Case_03786472».

Опубликовано для:Schneider Electric Казахстан