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GP-Pro EX/ prxを保存している Databaseフォルダに存在する .bakファイルとは何でしょうか？

".bak"ファイルは、GP-Pro EX で作成に生成する ".prx" プロジェクトファイルに対する バックアップファイルです。

".prx" → GP-Pro EX 作成時に生成するファイル
".bak" → 保存した".prx"に対するバックアップファイル
※ ".bak"ファイルは、".prx"と同じディレクトリに生成します。

▼設定確認箇所
GP-Pro EX起動後、[表示]>[オプション設定]
以下のように、"上書き時にバックアップを保存"のチェックがデフォルトで有効になっております。
bak

▼".bak"ファイルの用途
".bak" の拡張子を ".prx" へ変更することで、GP-Pro EX で開けるプロジェクトファイルへ展開が出来ます。
万が一、".prx"ファイルを失ったまたは破損したなどのとき、上記の対応を行うことで、早期復旧が出来ます。
また、".bak"ファイルは、".prx"と同じディレクトリに生成します(".bak"ファイルのみを、自動的に任意のディレクトリへ保存することはできません)

▼参照マニュアル
3.8.5.1 オプション設定 - 全般
https://www.proface.co.jp/otasuke/files/manual/soft/gpproex/new/refer/mergedProjects/starttoquit/starttoquit_sg_options-general.htm